قصة أنمي Prison School تدور في أكاديمية “هاشيميتسو” الخاصة التي تقع في ضواحي طوكيو.
وهي مدرسة داخلية مرموقة للفتيات، وتشتهر بتعليمها عالي الجودة وبطلابها المنضبطين. ومع ذلك، فإن هذا كله على وشك التغيير بسبب تعديل في سياسة المدرسة الأكثر شهرة، حيث أصبح الأولاد الآن قادرين على التسجيل أيضًا. انطلاقا من هذا القرار، في بداية الفصل الدراسي الأول.
تم قبول خمسة فتيان فقط، مما أدى فعليًا إلى تقسيم الطلاب إلى نسبة مائتي فتاة إلى ولد واحد. “كيوشي” و“غاكوتو” و“شينغو” و“اندري” و“جو”، يتم التخلص منهم بسرعة دون أن تتاح لهم فرصة ترك أي نوع من الانطباع الأول. غير قادرين على التواصل مع زميلاتهم الطالبات، وضع الأولاد المتحمسون أنظارهم على مهمة أكثر خطورة، اختلاس النظر في حمام الفتيات!
بعد أن تم تدمير خطتهم تمامًا من قبل مجلس الطلاب السيئ السمعة، تجد المجموعة حريتهم فجأة، حيث يتم إلقاؤهم في سجن المدرسة بعقوبة شهر كامل. وهكذا تبدأ قصة حياة الأولاد القاسية في سجن المدرسة…